A história se passa em 1926, quando um magizoologista, ou seja, um bruxo que estuda criaturas mágicas e seus costumes, embarca para a cidade de Nova Iorque. Seu nome é Newt Scamander, um ex-aluno da casa Lufa-Lufa da escola de Hogwarts. Newt foi visitar Nova Iorque à procura de novas criaturas para seu catálogo de criaturas mágicas. O bruxo carregava consigo uma maleta, com um feitiço indetectável de extensão, cheia de animais mágicos e seus habitats, facilitando seu estudo em qualquer lugar do mundo.
​
Tudo ia bem, até o momento em que sua maleta se abriu, e várias criaturas mágicas saíram pelas ruas de Nova Iorque. Claramente isso chamou a atenção de bruxos da cidade, e rapidamente Newt foi convocado pelo MACUSA, o Congresso Mágico dos Estados Unidos, para que resolvesse logo esse problema causado.
​
Além dessa confusão toda, Newt conhece Tina Goldstein, uma auror que trabalha para o MACUSA. Tina e sua irmã Queenie, ajudam Newt a encontrar suas criaturas e fugir daqueles que querem o prender. O filme também conta com a presença de um no-maj, ou trouxa, no elenco principal. Jacob Kowalski é o primeiro trouxa que faz parte do grupo de protagonistas de um filme do universo mágico.
​
Paralelo a toda essa aventura, temos Mary Lou, uma personagem que faz parte de um grupo antibruxos chamado Second Salamers, grupo descendente da época de caça às bruxas de Salem. Outro personagem muito misterioso é seu filho adotivo Credence, trazendo surpresas para o filme.
​
Aventura e emoção é o que nos espera neste filme, lembrando que Newt só planejava ficar em Nova Iorque durante algumas horas...
​
​
O Filme
